Το Γενικό Λύκειο Αφάντου ιδρύθηκε το 1982 και λειτούργησε για πρώτη σχολική χρονιά το 1982-1983 ως λυκειακό παράρτημα του 1ου Λυκείου Ρόδου (Βενετόκλειο) . Μέχρι και το 1984 λειτουργούσε σε απογευματινή βάρδια στο 1ο σχολικό κτίριο της περιοχής, που κτίστηκε από την κοινότητα (1914-16) με προσωπική εργασία των κατοίκων του χωριού . Το κτίριο αυτό βρίσκεται στην πλατεία του χωριού, απέναντι από το παλιό Ιταλικό κτίριο του Δημοτικού Σχολείου Αφάντου, σ’ έναν ειδικά διαμορφωμένο προστατευόμενο χώρο, όπου σήμερα λειτουργεί το 3ο Δημοτικό Σχολείο . Πρώτος Διευθυντής του Λυκείου ήταν ο κ. Μπονιάτης Στέφανος.
Από το 1984 και εξής το σχολείο λειτούργησε σε νεόδμητο κτίριο, που βρίσκεται στην περιοχή Λύχνος της κοινότητας Αφάντου, με Διευθυντή τον κ . Διμέλη Κωνσταντίνο (1984 – 1999) και από το 1985 έως το 2004 συστεγαζόταν με το Γυμνάσιο Αφάντου . Οι μαθητές του αρχικά ήταν 36. Σήμερα το σχολείο αριθμεί 250 μαθητές λόγω της αύξησης του πληθυσμού και της φοίτησης μαθητών από γειτονικά δημοτικά διαμερίσματα ( Αρχίπολη, Καλυθιές, Ψίνθος) .
Από το 1999 έως το 2007 Διευθυντής του Λυκείου Αφάντου ήταν ο κ. Παυλούς Γεώργιος, από το 2007 έως το 2009 ο κ . Τριανταφύλλας Χρήστος και από το 2009 έως σήμερα ο κ. Θωμίδης Βενέτιος.
Τα τελευταία 15 χρόνια το σχολείο έχει πολλές επιτυχίες στις εισαγωγικές εξετάσεις για το Πανεπιστήμιο κι έτσι η κοινωνία του Αφάντου έχει παρουσιάσει μεγάλη πρόοδο που οφείλεται όχι μόνο στην οικονομική ανάπτυξη της περιοχής αλλά και στους νέους επιστήμονες .
