Το 6ο Γυμνάσιο Καλαμαριάς, όπως πολλά σχολεία της Ελλάδας, έχει μια ιστορία που συνδέεται με την ανάπτυξη της περιοχής και την εκπαιδευτική εξέλιξη στη Θεσσαλονίκη. Ανήκει στον Δήμο Καλαμαριάς, έναν από τους σημαντικότερους δήμους της πόλης, ο οποίος εξελίχθηκε ιδιαίτερα μετά την ανταλλαγή πληθυσμών το 1922.
Η ίδρυση του σχολείου συνδέεται με την ανάγκη εξυπηρέτησης του αυξημένου μαθητικού δυναμικού μιας περιοχής που γνώρισε πληθυσμιακή και οικιστική ανάπτυξη. Λειτούργησε το 1989 και συστεγάζεται σήμερα με το 6ο Γενικό Λύκειο Καλαμαριάς.
