Λίμνη Τριχωνίδα
Είναι η μεγαλύτερη λίμνη της Ελλάδας και βρίσκεται ανάμεσα σε Μεσολόγγι και Παναιτωλικό όρος. Εκτείνεται από τα ανατολικά προς τα δυτικά του Νομού και συνορεύει με τη λίμνη Λυσιμαχία. Έχει επιφάνεια 95,8 τετραγωνικά χιλιόμετρα, μέγιστο μήκος 21,5 χιλιόμετρα και μέγιστο βάθος 58 μέτρων. Πρόκειται για θερμή λίμνη με τη θερμοκρασία του νερού να κυμαίνεται, ανάλογα την εποχή, από τους 4° έως τους 25° βαθμούς Κελσίου.
Λίμνη Αμβρακία
Βρίσκεται ανάμεσα στο Αγρίνιο και την Αμφιλοχία και το κύριο τμήμα της λίμνης έχει σχήμα τριγώνου, με κορυφή προς το νότο. Έχει μέγιστο μήκος 13,8 χιλιόμετρα, πλάτος 3,8 χιλιόμετρα και μέγιστο βάθος 40 μέτρα, ενώ απέχει μόλις ένα χιλιόμετρο από τη λίμνη Οζερού.
Λίμνη Λυσιμαχία
Βρίσκεται νότια του Αγρινίου, με επιφάνεια 13,2 τετραγωνικά χιλιόμετρα, περίμετρο 17 περίπου χιλιόμετρα και μέγιστο βάθος μόλις 9 μέτρα. Με την Τριχωνίδα παλιότερα ήταν εντελώς ενωμένες και αποτελούσαν ένα πλούσιο υγροβιότοπο. Σήμερα με την κατασκευή της εθνικής οδού και διάφορα άλλα αρδευτικά έργα, η επικοινωνία ανάμεσα στις δυο λίμνες γίνεται μέσω ενός ελεγχόμενου καναλιού και έχουν ενιαίο οικοσύστημα.
Λίμνη Οζερός
Η λίμνη Οζερός (ή Γαλίτσα) βρίσκεται δυτικά του ποταμού Αχελώου, περίπου στο ίδιο γεωγραφικό πλάτος με την πόλη του Αγρινίου. Το όνομά της έχει σλαβική προέλευση, καθώς Οζέρο στα σλάβικα σημαίνει «λίμνη». Έχει έκταση 10-11,1 τετραγωνικά χιλιόμετρα, περίμετρο 14 χιλιόμετρα, μέγιστο μήκος 5 χιλιόμετρα, μέγιστο πλάτος 2,6 χιλιόμετρα και βάθος 8-10 μέτρα.
