Το σχολείο μας ιδρύθηκε το 1979 ως 6ο Γυμνάσιο Χανίων κάτω από δύσκολες συνθήκες.
Τότε το σχολείο λειτούργησε προσωρινά στο χώρο του 6ου Δημοτικού Σχολείου Χανίων, με αίθουσες λιγότερες από τις απαιτούμενες, με δύο βάρδιες, καθώς επίσης και με αίθουσες νοικιασμένες έξω από τον αύλειο χώρο του σχολείου. Η απόδοση του σχολείου, παρ’ όλα αυτά, θεωρούνταν και ήταν πολύ καλή.
Από τον Σεπτέμβριο του 2005 μεταφέρθηκε σε καινούργιο σύγχρονο κτίριο, στο χώρο του παλιού εργοστασίου της ΑΒΕΑ στην περιοχή της Νέας Χώρας Χανίων. Αυτό ενίσχυσε το κλίμα ανανέωσης και αναβάθμισης του σχολείου.
Τον Φεβρουάριο του 2006 το σχολείο μας μετονομάστηκε σε 5ο Γυμνάσιο Χανίων λόγω συγχωνεύσεων σχολείων της πόλης μας.
