Η Βόνιτσα στην περίοδο των Βυζαντινών χρόνων άκμασε ξανά, αφού μεταφέρθηκε από το χώρο του αρχαίου Ανακτορίου στη θέση που είναι σήμερα. Από το 1684 ως το 1797 η πόλη βρίσκονταν υπό τον έλεγχο των Βενετών. Υπό την κυριαρχία των Τούρκων έμεινε λίγα χρόνια. Η πόλη ελευθερώθηκε το 1832 και αποτέλεσε τμήμα του νέου Ελληνικού κράτους.
