Το σχολείο μας ιδρύθηκε πριν το Β΄Παγκόσμιο Πόλεμο και λειτουργούσε ως Εμπορική σχολή Νίκαιας. Περίπου στις αρχές της δεκαετίας του 60, ονομάστηκε Οικονομικό Γυμνάσιο Νίκαιας και λειτούργησε έτσι μέχρι το 1976. Τα σχολικά έτη 1976 – 1977 και 1977-1978 λειτούργησε ως Μικτό Γυμνάσιο Νίκαιας και το σχολικό έτος 1978 -1979 ως 1ο Μικτό Γυμνάσιο Νίκαιας. Από το σχολικό έτος 1979-80 μέχρι και το σχολικό έτος 2008-2009 λειτούργησε ως 3ο Γυμνάσιο Νίκαιας. Εδώ πρέπει να σημειώσουμε ότι το σχολικό έτος 1982-1983 το σχολείο μοιράστηκε και από το ένα κομμάτι του γεννήθηκε το 6ο Γυμνάσιο Νίκαιας.
Μέχρι το 1996 συστεγαζόταν με το 4ο δημοτικό σχολείο Νίκαιας (Καισαρείας και Βοσπόρου) ως φιλοξενούμενο . Ενδιάμεσα, όμως, χρησιμοποιούσε πρόσθετα κάποιες αίθουσες στην οδό Σηστού και για ένα διάστημα στεγάστηκε στο σχολικό συγκρότημα της οδού Τζαβέλα.
Από το 1996 και μετά μεταφέρθηκε σε καινούργιο κτήριο (Μυλάσων και Αρμενίων προσκόπων).
Από το σχολικό έτος 2009-2010 ως το σχολικό έτος 2011-2012 λειτούργησε ως Πειραματικό Γυμνάσιο Νίκαιας.
Από τη σχολική χρονιά 2011-2012 μέχρι το 2014 λειτούργησε και ως Πιλοτικό Γυμνάσιο για τα Νέα Προγράμματα Σπουδών.
Στην αυλή του βρίσκεται το Χαμάμ, άμεσα συνδεδεμένο με το μικρασιατικό και προσφυγικό παρελθόν της περιοχής.
