Τον Απρίλιο του 1828, λίγο καιρό αφού ήρθε ο Καποδίστριας στην Ελλάδα, εμφανίστηκε επιδημία πανώλης αρχικά στην Ύδρα και μετά στις Σπέτσες. Ο κυβερνήτης αναγκάστηκε να πάρει άμεσα μέτρα για την αποφυγή εξάπλωσης της αρρώστιας.
Το πρώτο μέτρο που πήρε ήταν το κλείσιμο των εκκλησιών που ήταν στις περιοχές όπου υπήρχαν κρούσματα ή ήταν πιθανό να υπάρξουν. Το μέτρο αυτό προκρίθηκε, επειδή οι εκκλησίες τότε ήταν οι κυριότερες εστίες μετάδοσης, λόγω του ότι αποτελούσαν το κέντρο της κοινωνικής ζωής. Για καλή του τύχη δεν υπήρξαν πολλές αντιδράσεις. Όλοι οι Έλληνες τον σέβονταν και τον θαύμαζαν και τον εμπιστεύονταν, καθώς ήταν πολύ καλός γιατρός με πείρα, αλλά και εξαιρετικές πολιτικές ικανότητες. Το επόμενο μέτρο που πήρε ήταν να αναγκάσει τους κατοίκους των περιοχών όπου υπήρχαν κρούσματα να μένουν κλεισμένοι στα σπίτια τους. Τα μέτρα αυτά επιβλήθηκαν με το ψήφισμα «Περί υγειονομικών διατάξεων» της 20ης Αυγούστου 1828, το οποίο υπέγραψε ο ίδιος ο Κυβερνήτης, καθώς και ο Γραμματέας της Επικράτειας Σπυρίδων Τρικούπης.
Προκειμένου να εφαρμοστούν τα μέτρα αυτά ο Καποδίστριας ανέθεσε στον Γενικό Έφορο Υγείας Αναστάσιο Λόντο και τον γιατρό Νικόλαο Καλογερόπουλο να κάνουν την πρώτη επιθεώρηση στα νησιά και επίσης έδωσε εντολή στον Κάρολο Φαβιέρο να οργανώσει μια θαλάσσια υγειονομική αλυσίδα, επιβάλλοντας ναυτικό αποκλεισμό στα νησιά αυτά. Έστειλε ακόμα ειδικούς να ενημερώσουν όλες τις επαρχίες της ηπειρωτικής Ελλάδας και τα νησιά για τις νέες αποφάσεις και τα μέτρα που πρέπει να ληφθούν. Επιπλέον, εξέδωσε διάγγελμα όπου τόνισε πως ο καλύτερος τρόπος για να εκπληρώσει το καθήκον του είναι να πάει ο ίδιος στους τόπους όπου έχουν κρούσματα και να πάρει αυστηρά μέτρα για την προφύλαξη της υπόλοιπης Ελλάδας. Όρισε τον Ιωάννη Κωλέττη Έκτακτο Επίτροπο της Υγείας για τις Σπέτσες και του έδωσε στρατιωτικές δυνάμεις και αναλυτικές οδηγίες. Έστειλε στην Ύδρα και στις Σπέτσες τρόφιμα και χρηματοδότησε τις φτωχότερες κατοικίες των νησιών αυτών. Μαζί με τον αδελφό του, Βάριο, έθεσε πολύ αυστηρά μέτρα τα οποία παρέλυσαν το εμπόριο και προκάλεσαν την πρώτη σύγκρουση Υδραίων – Καποδίστρια.
Δυστυχώς όμως, ενώ η επιδημία φαινόταν πως τελείωνε στα νησιά, παρουσιάστηκαν κρούσματα στα μέρη της Πελοποννήσου που ήταν ακόμα υπό αιγυπτιακό έλεγχο, καθώς και στα Μέγαρα, στη Σαλαμίνα, τον Πόρο και την Χαλκίδα. Η επιβολή αυστηρών μέτρων οδήγησε στον άμεσο περιορισμό των κρουσμάτων. Έτσι, ο Κυβερνήτης προχώρησε στην άρση των μέτρων και στο Ψήφισμα 15, που είναι ένα από τα σημαντικότερα κείμενα στην ελληνική, αλλά και την ευρωπαϊκή ιστορία της δημόσιας υγείας. Όμως η επιδημία επέμενε και στα μέσα Δεκεμβρίου του 1828 τα κρούσματα επεκτάθηκαν και στην Αχαΐα, οπότε επιβλήθηκε αποκλεισμός της περιοχής.
Τον επόμενο χρόνο, το 1829, τα κρούσματα ήταν ελάχιστα και η επιδημία αντιμετωπίστηκε, χάρη και στον ελβετό φιλέλληνα γιατρό Louis-André Gosse, που είχε φτάσει ένα χρόνο νωρίτερα στην Ελλάδα, για να προσφέρει τη βοήθειά του στους πληττόμενους Έλληνες.
Συμπερασματικά, τα μέτρα που πήρε ο Καποδίστριας, σχεδόν 200 χρόνια πριν, είναι παρόμοια με τα μέτρα που επιβλήθηκαν σήμερα για την αντιμετώπιση του κορονοϊού. Ο Καποδίστριας φάνηκε και σε αυτή την περίπτωση ότι ήταν ιδιαίτερα αποτελεσματικός και αρκετά μπροστά για την εποχή του.
