Οι πτυχιούχοι του Τμήματος Ωκεανογραφίας και Θαλασσίων Βιοεπιστημών έχουν στη διάθεσή τους ένα ευρύ πεδίο επαγγελματικών προοπτικών και επιλογών σταδιοδρομίας. Λόγω της μοναδικότητας του Τμήματος στον ελληνικό χώρο στην κατεύθυνση αυτή, της σημασίας του θαλάσσιου περιβάλλοντος για την Ελλάδα, της αυξημένης ευαισθητοποίησης και άμεσης ανάγκης αντιμετώπισης πιεστικών περιβαλλοντικών προβλημάτων, του εύρους των γνωστικών αντικειμένων τα οποία διδάσκονται κατά τη διάρκεια των προπτυχιακών σπουδών τους, οι απόφοιτοι έρχονται να καλύψουν το κενό σε ανάγκες για στελέχη με ολοκληρωμένη κατάρτιση σε θέματα θαλάσσιων επιστημών. Επιπλέον, δίδεται η δυνατότητα στους φοιτητές, με την επιλογή μαθημάτων από το δεύτερο έτος σπουδών και μετά, να κατευθύνουν οι ίδιοι τις σπουδές τους προς τον τομέα που ανταποκρίνεται καλύτερα στις επιθυμίες τους για την απόκτηση επιστημονικής γνώσης και επαγγελματικού προσανατολισμού.
Οι απόφοιτοι του Τμήματος Ωκεανογραφίας και Θαλασσίων Βιοεπιστημών μπορούν να ασκήσουν, εφόσον το επιθυμούν, το επάγγελμα του Ιχθυολόγου. Με απλή αίτησή τους εγγράφονται στο Γεωτεχνικό Επιμελητήριο Ελλάδος (ΓΕΩΤΕΕ) και λαμβάνουν τη σχετική άδεια άσκησης επαγγέλματος (Ιχθυολόγου). Σημειώνεται ότι η απασχόληση, με αμοιβή ιχθυολόγου είναι υποχρεωτική σε μονάδες ιχθυοκαλλιεργειών (Π.Δ. 344/2000, ΦΕΚ 297/Α), σε επιχειρήσεις παραγωγής ιχθυογενετικού υλικού, σε μονάδες μεταποίησης αλιευτικών προϊόντων, σε βιομηχανίες παρασκευής ιχθυοτροφών, σε ιχθυόσκαλες, καθώς επίσης και για τη σύνταξη μελετών επενδυτικών σχεδίων υδατοκαλλιεργειών, βάσει όσων προβλέπονται από το πιο πάνω Προεδρικό Διάταγμα «’Ασκησης επαγγέλματος Γεωτεχνικού».
Επίσης, οι απόφοιτοι του Τμήματος Ωκεανογραφίας και Θαλασσίων Βιοεπιστημών μπορούν να διορίζονται σε θέσεις φορέων του Δημοσίου Τομέα (Υπουργεία, Νομικά Πρόσωπα Δημοσίου Δικαίου, Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης α΄ και β΄ βαθμίδας, όπως δήμους και νομαρχιακές αυτοδιοικήσεις, Τοπικές Ενώσεις Δήμων και Κοινοτήτων – ΤΕΔΚ, οργανισμούς εποπτευόμενους από ΟΤΑ), στον κλάδο ΠΕ Περιβάλλοντος (ΠΔ 50/2001, ΦΕΚ 39/Α). Επιπρόσθετα, βρίσκεται σε εξέλιξη η ένταξη των επιστημόνων της θάλασσας στις διαδικασίες πρόσληψης καθηγητών μέσης εκπαίδευσης για διδασκαλία περιβαλλοντικών μαθημάτων στη δευτεροβάθμια και μεταλυκειακή εκπαίδευση.
Τέλος, η εξειδίκευση που παρέχεται στους επιστήμονες της θάλασσας τους επιτρέπει να απασχοληθούν στην Υδρογραφική Υπηρεσία, σε ερευνητικά κέντρα και πανεπιστήμια, καθώς και στον ιδιωτικό τομέα, σε επιχειρήσεις και μονάδες υδατοκαλλιέργειας (ιχθυοκαλλιέργειες και οστρακοκαλλιέργειες), σε εταιρείες περιβαλλοντικών μελετών, θαλάσσιων και παράκτιων κατασκευών, εκμετάλλευσης υποθαλάσσιων ορυκτών πόρων, εφαρμογών τηλεπισκόπησης και ΓΣΠ και σε εργαστήρια περιβαλλοντικής μικροβιολογίας (εργαστήρια ελέγχου ποιότητας νερών ΟΤΑ, ιδιωτικά εργαστήρια κλπ).
