Το Γυμνάσιο Παμφίλων ιδρύθηκε από το σχολικό έτος 1963-1964 ως « Γυμνάσιον πρώτης βαθμίδος εις Πάμφυλλα Μυτιλήνης υπαγόμενον εις το πλήρες Α΄Γυμνάσιον Αρρένων Μυτιλήνης» σύμφωνα με το ΦΕΚ 11481/30.1.1964  με απόφαση του τότε Γενικού Γραμματέα του Υπουργείου Παιδείας ,καθηγητή Ε.Μ.Π., κ. Δημητρίου Νιάνια.

Το ημιγυμνάσιο τότε Παμφίλων ιδρύθηκε σαν συνέχεια του ημιγυμνασίου Παμφίλων που  λειτούργησε για πρώτη φορά το 1931 στα κελιά της εκκλησίας και είχε ως διευθυντή του τον Δάσκαλο Ευαγγελινό.

Το 1964-1965 οι πρώτοι μαθητές του τριτάξιου αρχικά γυμνασίου στεγάστηκαν σε ιδιωτικά κτήρια και σε αίθουσες του «Βοστάνειου» διδακτηρίου. Διευθυντής του σχολείου ήταν ο Απόστολος Φραντζής και καθηγητές ο Νικόλαος Χατζηαντωνίου και ο Ιωάννης Καλδέλλης.

Στη συνέχεια μετά την ίδρυση του Γυμνασίου ο Δ. Νιάνιας (1965-1966) έγινε πρόεδρος του Ο.Σ.Κ. (Οργανισμός Σχολικών Κτιρίων) και από τη θέση αυτή ο ίδιος φρόντισε για την κατασκευή των σημερινών κτιρίων.

Τα σχέδια κατασκευής ανατέθηκαν στον Άρη Φιλιππίδη, διευθυντή αρχιτεκτονικής υπηρεσίας του Ο.Σ.Κ., που φρόντισε να γίνουν αυτά σύμφωνα με την τοπική αρχιτεκτονική των παλαιών Πύργων των Παμφίλων (Σαχνισίνια). Παρακολούθησε στενά την εκπόνηση των σχεδίων και με τις οδηγίες του ρυθμίστηκαν όλες οι λεπτομέρειες. Η τελική  έγκριση των σχεδίων φέρει την υπογραφή του. Οι εργασίες ξεκίνησαν από την ανάδοχο εργολαβική εταιρεία Ολυμπίτη με επιστάτη τον Μανόλη Κουτρουμπή και το χτίσιμο της πέτρας ανέλαβαν οι Παφλιώτες αδελφοί, Θεόδωρος και Φώτιος Βέτσος. Το κτήριο χτίστηκε σε οικόπεδο 8,5 περίπου στρεμμάτων, δωρεά της Κορνηλίας Χατζηαντωνίου επί Προέδρου της Κοινότητας Παμφίλων κ.Θεοδώρου Πισπίνη στις 5 Ιανουαρίου 1966.

Με τη συμπλήρωση 5 χρονών λειτουργίας αναβαθμίστηκε σε τετρατάξιο με 229 μαθητές και μαθήτριες της γύρω περιοχής – από τη Μόρια έως την Κώμη και τις Νέες Κυδωνίες. Διευθυντής του κατά το σχολικό έτος 1970-1971 ήταν ο Περικλής Γραμματάς και καθηγητές οι Βασιλική Σταματή, Δέσποινα Γεωργιάδου, Ιωάννης Βασιλείου, Ευάγγελος Σταματής, Ηλίας Φραγκόπουλος, Ελευθερία Τραπατσέλλη και Μαρίνος Ζαχαρίου. Ένα χρόνο αργότερα αναβαθμίστηκε σε εξατάξιο 68 μαθητές και μαθήτριες στην Α΄ τάξη, 54 στη Β΄, 57 στη Γ΄, 48 στην Ε΄ και 17 στη ΣΤ΄. Διευθυντής της περιόδου ήταν ο Γ. Βαβαλιάρος και καθηγητές οι Ε. Γιαννάκας, Π. Γραμματάς, Β. Σταματή, Ε. Σταματής, Μ. Τζιώτη, Κ. Ταξείδης, Ε. Ματζουράνης, Σ. Κωστομοίρη και Ε. Τραπατσέλλη. Κατά το σχολικό έτος 1977-1978 έγινε με απόφαση του ΥΠΕΠΘ ο διαχωρισμός του σχολείου σε τριτάξιο Γυμνάσιο και τριτάξιο Λύκειο, με τους μαθητές και μαθήτριες των δύο πλέον σχολείων να φοιτούν στο ίδιο διδακτήριο.

Στις μέρες μας το σχολείο λειτουργεί ως τριτάξιο με 17 καθηγητές και περίπου 80 μαθητές και μαθήτριες. Ωστόσο το Λύκειο Παμφίλων στεγάζεται από τα μέσα τις δεκαετίας του 1990 σε νεόδμητο κτήριο, που βρίσκεται στη νότια πλευρά του οικοπέδου.

Σήμερα το διώροφο διδακτήριο του Γυμνασίου  με κεραμοσκεπή, χωρίς υπόγειο, έκτασης 600 τ.μ., διαθέτει 4 αίθουσες διδασκαλίας και εργαστήριο πληροφορικής στο ισόγειο και 3 αίθουσες διδασκαλίας και εργαστήριο φυσικής – χημείας στον πρώτο όροφο καθώς και βοηθητικούς χώρους.

Εργασία των μαθητριών Αβαγιανού Μάγιας και Χτενέλη Αγγελικής της Β΄τάξης