Η Ιερά Μονή Μολυβδοσκέπαστης βρίσκεται στο Β.Δ. τμήμα της Ηπείρου, 18 χιλιόμετρα από την Κόνιτσα, σε ένα θαυμάσιο φυσικό περιβάλλον με ψηλά και απόκρημνα βουνά, πανέμορφα δάση και ποτάμια.

Το μοναστήρι είναι μόλις 400 μέτρα από τα σύνορα με την Αλβανία, κτισμένο στους πρόποδες του Όρους Νεμέρτζικα, το οποίο τοπικά λέγεται και Μερόπη. Ο ποταμός Αώος που έρχεται από την Πίνδο και ενώνεται με τον Βοϊδομάτη έξω από την Κόνιτσα, περνά πολύ κοντά από την ανατολική πλευρά της Ι. Μονής και ενώνεται με τον ποταμό Σαραντάπορο.