Οι αλλαγές στη βιοποικιλότητα και στα οικοσυστήματα προκαλούνται από διαφορετικούς παράγοντες οι οποίοι μπορεί να επιδρούν σε βάθος χρόνου (πχ κλιματική αλλαγή) ή απότομα (πχ ξηρασία) και οι οποίοι τελικά αλληλεπιδρούν με συσωρευτικά αποτελέσματα. Είναι γεγονός ότι πολλές από τις αλλαγές αυτές οφείλονται σε φυσικά αίτια. Παρόλα αυτά, οι τρέχουσες αλλαγές και ιδιαίτερα ο σημερινός ρυθμός απώλειας ειδών και οικοσυστημάτων οφείλονται στον άνθρωπο και τις δράσεις του. Σύμφωνα με το WWF Living Planet Report (2010) και την Εκτίμηση της Χιλιετίας, οι κύριες απειλές για τη βιοποικιλότητα, ανθρωπογενούς ή φυσικής προέλευσης, είναι:
Απώλεια ή και η υποβάθμιση των ενδιαιτημάτων: Μπορεί να οφείλεται σε σειρά αιτιών όπως η εντατικοποίηση της γεωργίας ή η εγκατάλειψη των αγροτικών εκτάσεων, η διαχείριση της γης γενικά, οι απολήψεις από το φυσικό περιβάλλον, η αστική εξάπλωση και η επέκταση υποδομών, και οι πυρκαγιές.
Εισβάλλοντα ξενικά είδη: αναφέρεται στις περιπτώσεις ειδών που μεταφέρονται πέρα από τα όρια της φυσικής τους εξάπλωσης και εγκαθιστούν πληθυσμούς χωρίς να περιορίζονται από φυσικούς εχθρούς. Τα εισβάλοντα είδη επηρεάζουν την ιθαγενή βιοποικιλότητα μιας περιοχής ως ανταγωνιστές, θηρευτές, παθογόνα, παράσιτα ή και φορείς ξένου γενετικού υλικού μέσω υβριδισμού. Κυριότερες αιτίες της παρούσας απειλής θεωρούνται το εμπόριο, ο τουρισμός, η γεωργία και οι υποδομές μεταφορών που επηρεάζουν τη γεωγραφία.
Υπέρ-εκμετάλλευση των φυσικών πόρων και ειδών: αναφέρεται στη συγκομιδή ή στην εκμετάλλευση φυτών και ζώων για την παραγωγή αγαθών (τρόφιμα, πρώτες ύλες, φάρμακα). Όταν ο ρυθμός εκμετάλλευσης ξεπερνά την αναπαραγωγική ικανότητα ενός πληθυσμού, οδηγεί στη σταδιακή εξάντληση των πόρων και εξαφάνιση των ειδών. Εδώ εντάσσεται το παράνομο κυνήγι, το εμπόριο ειδών, καθώς και η υπεραλίευση.
Ρύπανση: μια απειλή που επηρεάζει τόσο τα ενδιαιτήματα όσο και τα είδη. Ανάλογα με το μέσο διασποράς της διακρίνεται σε ατμοσφαιρική, χερσαία και ρύπανση υδάτων. Προκύπτει από διάφορες εκπομπές και απόβλητα από ανθρώπινες δραστηριότητες, όπως η βιομηχανία, η χρήση φυτοφαρμάκων και λιπασμάτων στη γεωργία, η αστική ανάπτυξη και οι μεταφορές. Ιδιαίτερο ρόλο με προσθετική επίδραση και παράλληλες αιτίες με τη γενικότερη απώλεια της βιοποικιλότητας έχει η
Κλιματική Αλλαγή: αποτελεί τον πιο αβέβαιο αλλά και το δυσκολότερα αναστρέψιμο παράγοντα. Η αλλαγή κρίσιμων παραμέτρων του αβιοτικού περιβάλλοντος, όπως, η θερμοκρασία, η ποσότητα και κατανομή των βροχοπτώσεων, η στάθμη της θάλασσας, εξαντλούν τις αντοχές και τις δυνατότητες προσαρμογής των ειδών και των οικοσυστημάτων, αυξάνουν το ρυθμό απώλειας και υποβάθμισης των ενδιαιτημάτων. Σύμφωνα μάλιστα με τα στοιχεία της Διακυβερνητικής Επιτροπής για την Αλλαγή του Κλίματος (IPCC), μια αύξηση της θερμοκρασίας κατά 2-3ο C θα επιφέρει μια απώλεια του 20-30% της βιοποικιλότητας.
