Γεννήθηκε στην Κωνσταντινούπολη το 1792 με καταγωγή από την Τραπεζούντα του Πόντου. Ήταν γόνος της εύπορης και ισχυρής φαναριώτικης οικογένειας Κωνσταντίνου Υψηλάντη, ηγεμόνα της Μολδοβλαχίας και της Ελισάβετ Βακαρέσκου.
Το 1810 κατατάχτηκε με τον βαθμό του ανθυπολοχαγού του ιππικού στο σώμα των εφίππων σωματοφυλάκων του τσάρου Αλέξανδρου Α΄ της Ρωσίας. Διακρίθηκε στους πολέμους κατά του Ναπολέοντα. Στη μάχη της Δρέσδης (27 Αυγούστου 1813) έχασε το δεξί του χέρι (όταν ήταν 21 ετών).
Οι Φιλικοί είχαν πληροφορίες για τα πατριωτικά του αισθήματα, επειδή σε στενούς κύκλους Ελλήνων και Φιλελλήνων φέρεται να είχε δηλώσει πως οι συμπατριώτες του θα έπρεπε να υπολογίζουν στη συνδρομή του, αν τυχόν παρουσιαζόταν κάποια ευκαιρία.
Έτσι με τη μεσολάβηση του Φιλικού Κωνσταντίνου Καντιώτη, ο οποίος ήταν υπάλληλος του Καποδίστρια, μετά την άρνηση του τελευταίου να αναλάβει αρχηγός της Φιλικής Εταιρείας, προσέτρεξε ο Εμμανουήλ Ξάνθος στον ξάδελφο των Υψηλάντηδων, Ιωάννη Μάνο, προκειμένου να τον φέρει σε επαφή με τον πρίγκιπα Αλέξανδρο Υψηλάντη. Η συνάντηση αυτή φαίνεται να ήταν μια από τις ευτυχέστερες στιγμές της ζωής του Εμμανουήλ Ξάνθου, οι οποίες έμειναν χαραγμένες στη μνήμη του, σε αντίθεση με την απογοήτευση που του δημιούργησε ο Καποδίστριας, ο οποίος αποδίδει με κάθε λεπτομέρεια και νοσταλγία στα απομνημονεύματά του.
Στη συνάντηση εκείνη στην Πετρούπολη στις 11 Απριλίου 1820 ο Υψηλάντης τον δέχθηκε με ευγένεια και ύστερα από κάποιες ερωτήσεις για την καταγωγή του και διάφορες άλλες υποθέσεις, του ζήτησε να μάθει πώς περνούν οι Έλληνες. Ο Ξάνθος του απάντησε ότι οι Τούρκοι τούς τυραννούν και η τυραννία αυτή έχει γίνει πλέον αφόρητη.
Ο Υψηλάντης, ενθουσιώδης ως πατριώτης, δεν άργησε να κυριευτεί από τη βαθιά πίστη του στα όνειρα του ελληνικού έθνους.
Ο Ξάνθος φανέρωσε στον πρίγκιπα τα μυστικά της Φιλικής Εταιρείας κι εκείνος με συγκίνηση και ενθουσιασμό κατηχείται και ορκίζεται κατά το τυπικό της εταιρείας, καθώς επίσης αναγνωρίζεται Γενικός Επίτροπος της Αρχής. Του δόθηκε το ψευδώνυμο «Καλός» και τα γράμματα του ελληνικού αλφαβήτου «α.ρ.» για να υπογράφει τις επιστολές του.
Η Φιλική Εταιρεία είχε πλέον τον αρχηγό της (Πετρούπολη 12 Απριλίου 1820).
Λάμπρου Λυδία ΣΤ΄ Τάξη
