Το Ελαφονήσι μαζί με την απέναντι ακτή εντάσσεται στο Δίκτυο ΦΥΣΗ 2000 (GR434002, Νήσος Ελαφόνησος και Παράκτια Θαλάσσια Ζώνη, έκταση 272 εκτάρια). Μια από τις ωραιότερες παραλίες της Μεσογείου με τη χαρακτηριστική ροζ άμμο και τα ρηχά νερά (μπορείς να πας περπατώντας μέσα στο νερό στο νησί). Εκτός από τη σημαντική οικολογική αξία (κεδρόδασος, αμμοθίνες, σπάνια κι απειλούμενα είδη ζώων και φυτών) παρουσιάζει και μεγάλη τουριστική ανάπτυξη.
Το σχέδιο διαχείρισης στα πλαίσια του προγράμματος LIFE Δυτικής Κρήτης προτείνει τον καθορισμό ζώνης προστασίας του κεδρόδασους και των αμμοθινών όπου δεν θα φτάνουν τα αυτοκίνητα (θα πρέπει να κρατιούνται σε απόσταση 200 μ από την ακτή). Ένα από τα προβλήματα για το Λαφονήσι για το οποίο γίνεται προσπάθεια εδώ και χρόνια είναι η απομάκρυνση των ΙΧ από τη “Βουλισμένη”, τους χώρους δίπλα στους κέδρους της παραλίας. Στα πλαίσια του προγράμματος LIFE έγινε τοπογραφικό της περιοχής και ορίστηκαν οι γραμμές αιγιαλού και παραλίας και πασαλώθηκαν από τον ΟΑΔΥΚ και την Κτηματική Υπηρεσία του Δημοσίου. Ο Φορέας Διαχείρισης (που θα έπρεπε να φτιαχτεί με τη συμμετοχή της Τοπικής Αυτοδιοίκησης και τη Αντιπεριφέρειας) πρέπει να περιφράξει την παραλία απέναντι από το νησί που επίσης προστατεύεται από το ΦΥΣΗ 2000.
Σήμερα η περιοχή αυτή όπως και οι προηγούμενες (Γραμπούσα και Φαλάσαρνα) έχουν τεθεί υπό την εποπτεία του Φορέα Διαχείρισης των Λευκών Ορέων (όπως και όλες οι περιοχές NATURA 2000 των Χανίων, και εσχάτως, με την κατάργηση των Φορέων Διαχείρισης και τη δημιουργία του ΟΦΥΠΕΚΑ από την κυβέρνηση, είναι υπό την εποπτεία της Μονάδας Χανίων (πρώην Φορέα Διαχείρισης Σαμαριάς) του ΟΦΥΠΕΚΑ. Σημειώνεται ότι η περιοχή της παραλίας απέναντι από το νησί διεκδικείται από ιδιώτες για τουριστική εκμετάλλευση.
Δείτε περισσότερα:
- Χάρτης της προστατευόμενης περιοχής:
https://natura2000.eea.europa.eu/?query=Natura2000Sites_9883_0,SITECODE,GR4340024
- Ο Φορέας Διαχείρισης NATURA 2000 για τις περιοχές των Χανίων: https://www.samaria.gr/
- Μονάδα Διαχείρισης Χανίων ΟΦΥΠΕΚΑ:
https://necca.gov.gr/mdpp/m-d-ethnikou-parkou-samarias-kai-prostatevomenon-periochon-dytikis-kritis/