Ο Πυθαγόρας γεννήθηκε στη Σάμο το 580 πΧ. Πατέρας του ήταν ο Μνήσαρχος, ο οποίος σύμφωνα με κάποιους καταγόταν από τη Σάμο, ενώ κάποιοι άλλοι (π.χ. Νεάνθης) υποστήριζαν ότι καταγόταν από τη Συρία. Σύμφωνα με τη δεύτερη εκδοχή, ο Μνήσαρχος πήγε στη Σάμο με σκοπό το εμπόριο, όταν οι προμήθειες σιταριού των Σαμίων δεν ήταν επαρκείς. Αφού έβαλε προς πώληση το σιτάρι του τιμήθηκε από την πολιτεία με το να ανακηρυχτεί πολίτης της Σάμου. Πάντως επικρατέστερη εκδοχή είναι η πρώτη, ότι δηλαδή καταγόταν από τη Σάμο και μάλιστα ότι ήταν απόγονος του πρώτου κατοίκου του νησιού.
Ο πατέρας του Πυθαγόρα πρόσεξε ιδιαίτερα την ανατροφή του, καθώς ο Πυθαγόρας έγινε μαθητής πολλών σπουδαίων δασκάλων. Μεγάλωσε με μεγάλη σεμνότητα και σωφροσύνη και τον σέβονταν όλοι. Διέθεται ευφράδεια λόγου, ήταν εγκρατής και θεοσεβής .
Όταν ήταν νεαρός η φήμη του είχε φτάσει σε πολλά μέρη του τότε γνωστού κόσμου και εκτιμήθηκε ιδιαίτερα από δύο από τους επτά σοφούς, με αποτέλεσμα να τον αποκαλούν «Κομήτη της Σάμου» . Όταν στη Σάμο επικράτησε ο τύραννος Πολυκράτης, ο Πυθαγόρας εγκατέλειψε το νησί και κατέφυγε στη Μίλητο, όπου θήτευσε δίπλα στον Θαλή τον Μιλήσιο. Έτσι έλαβε τις πρώτες γνώσεις του όσον αφορά τα μαθηματικά, τη γεωμετρία και όσα έχουν σχέση με τους αριθμούς και τους υπολογισμούς. Μετά από παρότρυνση του Θαλή πήγε στην Αίγυπτο, για να συναναστραφεί και να λάβει γνώσεις από τους ιερείς της. Όταν έφτασε εκεί, οι Αιγύπτιοι ιερείς τον υπέβαλλαν σε δύσκολα προστάγματα για να δοκιμάσουν την αντοχή του. Όμως ο Πυθαγόρας τα επιτέλεσε με μεγάλη προθυμία και έλαβε από αυτούς την άδεια να θυσιάζει στους θεούς, προνόμιο που δεν είχε παραχωρηθεί ποτέ σε κανένα άλλο ξένο. Παράλληλα, εκεί τελειοποίησε τις γνώσεις του στην αστρονομία τη γεωμετρία και τα μαθηματικά. Αφού έμεινε 22 χρόνια στην Αίγυπτο, οδηγήθηκε αιχμάλωτος στη Βαβυλώνα, όπου διδάχτηκε από τους Πέρσες ιερείς διαφορά θεολογικά και αστρονομικά θέματα, για άλλα 12 χρόνια. Έτσι γύρισε στη Σάμο όταν ήταν 50 ετών
Στην Σάμο ίδρυσε διδασκαλείο και μετέδωσε τις γνώσεις του σε αρκετούς νέους του νησιού. Η φήμη του είχε απλωθεί σε όλη την Ελλάδα, ώστε μεγάλοι φιλόσοφοι ήρθαν στη Σάμο για τον συναντήσουν. Όμως η τυραννία του Πολυκράτη εξακολουθούσε να καταπιέζει τα ελεύθερα φρονήματα του και αποφάσισε να φύγει για τη νότιια Ιταλία. Πριν φτάσει στην Ιταλία επισκέφτηκε τους Δελφους, τη Δήλο και την Κρήτη. Στην Ιταλία όλοι γνώριζαν την αξία του και πολλοί νέοι μαζεύονταν γύρω του και έγιναν οπαδοί του. Ανάμεσά τους ήταν και πολλοί βασιλείς. Οι οπαδοί του ονομάστηκαν Πυθαγόρειοι.
Ύστερα από πολλά έτη παρουσίας του στην Ιταλία ο Πυθαγόρας και οι οπαδοί του έγιναν αντικείμενο μεγάλου φθόνου και γύρω από το πρόσωπό του πλέχτηκε μια συνωμοσία. Μετά από συγκρούσεις με τους αντιπάλους τους, ο Πυθαγόρας και κάποιοι σύντροφοί του διέφυγαν στους Λοκρούς και από εκεί στον Τάραντα και το Μεταπόντιο. Εκεί λέγεται ότι τελείωσε τη ζωή του το 496 π.Χ , σε ηλικία 84 ετών, αποσυρόμενος στον ιερό των Μουσών και παραμένοντας εκεί για 40 μέρες χωρίς τροφή.
